AtScopeを使いこなせている人は、設計している人ですね。
設計しているかどうかは、「ソースコード以外で設計意図を説明してください」という質問に対応できるかどうかです。
とても単純な質問ですが、
しばらく考えて「ソースコードで説明させてください」という人もいました。（というか、そういう人が多いです。。。）
エンジニアなのですから、設計しましょう！
設計できるエンジニアは、AtScopeを上手に使いこなせます。逆に、AtScopeを使うことで、設計力も向上していきます。
ソースコードで説明するのではなく、ソースコードから導出された構造図での説明は、設計力を向上せます。モジュールの配置を変えるだけでも、設計意図を説明することができます。例えば、レイヤー化している、これがBOSSモジュール、とか、状態変数はここにある、とか。
設計図で周囲のエンジニアと話をする（ピアレビューですが）習慣を作りましょう。それが3年後の自分のスキルにもなるはずです。